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PHPからシステムコマンドを実行する際には、 system か exec を使う。

基本的には、コマンドの実行結果を値として取得・出力したい場合は exec を、実行だけで結果のアウトプットが必要ない場合は system を使えば良い。

例えば、lsでファイル一覧を取得したいならexecを使えば良いし、rmでファイル削除したいならsystemで良い。

system('systemcommandname arg0 arg1',$ret);
if($ret == 0){
    print 'OK';
}else{
    print 'Error';
}

上記は system の使用例。第二引数 $ret は、実行成功なら「0」を、失敗なら「1」を返す。